Die Gesamtsynode
Die Leitung der Kirche liegt bei der Gesamtsynode. Die Synoden der neun Synodalverbände wählen ihrer Größe entsprechend die Mitglieder der Gesamtsynode. Die für die Wahl geltenden Bestimmungen sorgen dafür, dass die Anzahl der eine Pfarrstelle innehabenden Personen immer niedriger ist als die der anderen Mitglieder. Insgesamt besteht die Gesamtsynode aus 57 gewählten Mitgliedern, dem Kirchenpräsidenten oder der Kirchenpräsidentin sowie mit beratender Stimme dem Vizepräsidenten oder der Vizepräsidentin. Dazu kann die Gesamtsynode drei zusätzliche Mitgllieder berufen.
Die Gesamtsynode kann bis zu drei Mitglieder in die Synode berufen.
Die Gesamtsynode tagt zweimal jährlich - meistens in der Johannes a Lasco Bibliothek in Emden. Die Synodaltagungen werden vom Präses oder der Präses geleitet, zur Zeit ist dies Norbert Nordholt aus Schüttorf.
Das Moderamen der Gesamtsynode
Das Moderamender Gesamtsynode ist die stellvertretende Kirchenleitung und führt zwischen den Synodaltagungen die Geschäfte der Kirche. Die Beschlüsse der Gesamtsynode sind zu vollziehen, Gesetze zu verkünden und auszuführen. Außerdem führt das Moderamen die oberste Dienstaufsicht über Pfarrer, Pfarrerinnen, Kirchenbeamte und Kirchenbeamtinnen. Es tagt in der Regel einmal im Monat.
Das am 27. September 2024 neu gewählte Moderamen der Gesamtsynode: Martin Wegbünder (Hinte), Pastorin Frauke Schaefer (Lengerich/Emsland), Hilko Pals (Wymeer), Ulrike Gschwendner-Kamper (Mackenrode) , Pastorin Frauke Fokke (Emden-Wolthusen), Präses Harm Adam (Bovenden), Vizepräsident Helge Johr (Leer), Zamirah Rabiya (Nordhorn; stv. Präses), Pastor Johannes de Vries (Schüttorf; 2. stv. Präses), Kirchenpräsidentin Susanne Bei der Wieden (Leer)